Skip to content
himhhhPublic

About

No description, website, or topics provided.

Resources

Stars

3 stars

Watchers

0 watching

Forks

Repository files navigation

MicroView

跨平台的 ND2 / LIF 显微图像浏览、校正与导出工具——同时支持 macOS 与 Windows。

在 Mac 上也能直接浏览 ND2。 Nikon 官方 ND2 软件缺少 macOS 版本;在 Windows 上同时打开大量图像和多通道窗口时,又容易出现卡顿,窗口还需要逐个整理和拖放。

MicroView 为 macOS 与 Windows 提供一致的单窗口工作流,把文件列表、Merge、单通道和显示控制集中在一起。即使连续查看同一次实验中的大量图片,也不必同时堆叠一批独立窗口。

MicroView 专注于把这段工作流变得顺手:扫描文件夹 → 从侧边栏连续切换图像 → 同时查看 Merge 与单通道 → 调整显示 → 导出或交给 ImageJ/Fiji。

它不是为了取代专业显微图像分析平台,而是为“快速看图、选图、统一显示和导出”提供更连贯的体验。

界面预览

MicroView 主界面:文件列表、多通道预览与显示控制

MicroView 把实验文件列表、Merge 与单通道预览、LUT 调整和导出入口集中在同一个工作区中。无需为每个通道反复打开、排列和拖动独立窗口,就能连续浏览整个实验文件夹。

功能亮点

ND2 与 LIF 浏览

  • 支持 Nikon .nd2 与 Leica .lif。
  • 每个 LIF Series 都能作为独立图像浏览。
  • 递归扫描文件夹,并用树状侧边栏管理实验数据。

MicroView 文件夹与显微图像列表

从文件夹层级直接切换图像或 Series,适合快速筛选同一次实验中的大量视野。

多通道预览与显示控制

  • 同时显示 Merge 与各个单通道图像,支持同步缩放与平移。
  • 可单独查看 Merge;调整显示参数时保留当前缩放和位置。
  • 独立控制每个通道的开关、LUT 黑场/白场、亮度和对比度。
  • 自动识别常见通道命名和 Leica LUTName:DAPI/Hoechst、GFP/FITC、RFP/mCherry、Blue、Green、Red 等。
  • 支持自定义 ND2 与 LIF 通道颜色映射。

MicroView 三通道同步预览

Merge 与各单通道保持在统一布局中;缩放或平移时可以同步观察不同通道的空间对应关系。

MicroView LUT、亮度与对比度控制

直方图和 LUT 控件集中在预览区下方,调整时不必离开当前图像。

MicroView ND2 与 LIF 通道颜色映射设置

可按通道名称设置默认颜色,也可以添加实验中使用的自定义命名规则。

全局显示设置

默认情况下,每张图像或 LIF Series 都保留独立的显示配置。

启用“应用到全局”后,当前图片的通道开关、LUT 范围、亮度和对比度会在本次软件运行中应用到之后实际打开的图片或 Series。该功能采用惰性应用:不会预加载、遍历或刷新全部图片。

比例尺与导出

  • 预览和导出图像均可添加比例尺。
  • 可设置比例尺位置、长度、颜色、粗细、字体、字号和文字标签。
  • 支持 PNG 与 TIFF;可导出 Merge、单独通道或两者组合。
  • Merge 使用的通道可与单通道导出独立配置。
  • 支持批量导出、通道筛选、统一显示参数和比例尺。

MicroView ImageJ Fiji 与导出比例尺设置

比例尺样式、位置、长度和文字可以统一配置;同一设置页也可指定 ImageJ/Fiji 路径及打开方式。

MicroView 批量导出与 Merge 通道选择

批量导出时可以分别决定是否导出单通道、Merge 使用哪些通道,以及最终文件格式。

ImageJ / Fiji 集成

可从 MicroView 直接在 ImageJ/Fiji 中打开原始 ND2/LIF、当前 Merge、当前启用通道或组合结果。

打开原始 ND2/LIF 文件需要 Fiji/ImageJ 已安装 Bio-Formats。

安装

macOS

  1. 下载 MicroView.app,拖入“应用程序”文件夹。
  2. 首次运行如出现安全提示,在“系统设置 → 隐私与安全性”中选择仍要打开。

Windows

  1. 下载并解压 MicroView.zip。
  2. 运行 MicroView.exe。

快速开始

  1. 打开包含 ND2 或 LIF 文件的文件夹。
  2. 在左侧文件树选择图像或 LIF Series。
  3. 在底部控制区调整通道开关、LUT、亮度和对比度。
  4. 在预览区检查 Merge 与单通道效果。
  5. 使用“导出 Merge”“导出通道”或“批量导出”生成结果。
  6. 如需进一步分析,点击 ImageJ 按钮交给 Fiji/ImageJ。

构建

macOS

pip install -r requirements.txt
pyinstaller build.spec

构建结果:dist/MicroView.app

Windows

最简单的方式是在 Windows 上双击项目根目录的 build.bat。脚本会复用电脑上已有的 Python 3.12 和已安装依赖、补齐缺少的依赖、构建程序,并在成功后打开 MicroView.exe 所在文件夹。如果项目位于 Mac 共享目录,脚本会先将源码复制到 Windows 本机临时目录,避免 UNC 路径和共享盘权限问题。

也可以手动运行:

pip install -r requirements.txt
pyinstaller build-windows.spec

一键构建结果:桌面/MicroView_Windows/MicroView.exe

手动构建结果:dist/MicroView/

技术栈

Python · PySide6 · NumPy · nd2 · readlif · Pillow · PyInstaller

致谢

About

No description, website, or topics provided.

Resources

Stars

3 stars

Watchers

0 watching

Forks

Releases

Packages

Contributors

Languages