fix(agent-runtime): persist evidence ledger

[zvzuola]

Summary

Persist EvidenceLedger events across session unloads, restarts, and restores to prevent long-running tasks from losing checkpoints, compression evidence, and partial subagent results.

The ledger is stored as a versioned evidence-ledger.json sidecar under the resolved session directory.

Type and Areas

Type: Bug fix / reliability

Areas: Rust core, Agent Runtime, session persistence, remote workspace

Motivation / Impact

Previously, EvidenceLedger existed only in process memory. When a session was unloaded or the host restarted, the ledger was lost. This could cause long-running tasks to lose important execution evidence and drift away from their original objective.

This change:

• Persists durable session evidence to a versioned JSON sidecar.
• Uses session-level serialization, cross-process file locking, and strict atomic replacement.
• Makes event appends idempotent by event_id.
• Rejects conflicting payloads for duplicate event IDs.
• Loads and validates the ledger before publishing restored runtime state.
• Preserves the original sidecar when the data is corrupt, from a newer schema, or belongs to another session.
• Keeps legacy payloads readable through additive defaults and unknown-enum fallbacks.
• Publishes evidence to in-memory state only after successful persistence.
• Makes checkpoint persistence fail closed for mutating Bash, file, and Git tools.
• Persists partial subagent timeout evidence while retaining already-produced partial results if persistence fails.
• Uses the resolved remote session mirror for remote workspaces instead of reusing controller-side paths.

No new user-facing strings, locale changes, or UI changes are required.

Verification

• cargo check --locked -p bitfun-agent-runtime --no-default-features --features agent-runtime — passed.
• cargo test --locked -p bitfun-agent-runtime --no-default-features --features agent-runtime --lib evidence_ledger — 11 passed.
• cargo test --locked -p bitfun-core --no-default-features --features agent-runtime --lib evidence_ledger — 4 passed.
• cargo test --locked -p bitfun-core --no-default-features --features agent-runtime --lib concurrent_evidence_appends_keep_disk_and_memory_complete — passed.
• cargo test --locked -p bitfun-core --no-default-features --features agent-runtime,remote-workspace --lib remote_workspace_evidence_uses_the_resolved_session_mirror — passed.
• cargo check --locked -p bitfun-core --no-default-features --features product-full — passed.
• pnpm run check:core-boundaries — passed.
• pnpm run fmt:rs — passed.
• git diff --check — passed.

The remote workspace scenario was exercised. Remote control, Peer Device Mode, and Detached Dispatch protocols were not changed by this PR and were not modified in the tests.

Reviewer Notes

• The persistence format is currently schema version 1.
• The sidecar is created only for durable sessions; transient sessions retain their existing in-memory behavior.
• Restore is fail-closed for invalid or incompatible ledger data and does not delete or overwrite the original sidecar.
• Concurrent appends are serialized in-process and protected across processes by the JSON file lock.
• Existing repository feature-conditional warnings remain, but all targeted tests and checks pass.

Checklist

• This PR is focused and does not include secrets, temporary prompts, generated scratch files, or unrelated artifacts.
• Relevant verification is recorded above.
• User-facing strings, docs, and locales are updated where applicable.

[limityan]

需要修改：回退会话后，已撤销的证据会在重启后重新出现

发生场景

1. 某个会话 turn 产生了文件修改前的 checkpoint、失败命令，或 subagent 的部分结果。
2. 用户把会话回退到这个 turn 之前，表示这些后续执行已经被撤销。
3. 用户关闭并重新打开会话，或应用重启后恢复该会话。

当前行为

恢复代码会正确隐藏回退点之后的对话 turn，但随后仍会从 evidence-ledger.json 加载全部历史证据。永久提交回退时，代码也只删除对话 turn、上下文快照和压缩产物，没有同步删除被回退 turn 对应的 ledger 记录。

造成的后果

重启后，已经被用户撤销的文件、失败命令和 subagent 结果会再次进入上下文压缩与 Deep Review。系统会把旧工作误认为当前事实，可能让 Agent 继续处理已经撤销的文件或问题。换句话说：界面中的会话已经回退，但 Agent 使用的证据没有一起回退。

修复要求

• staged revert 和永久回退都应按仍然保留的 turn ID，同步裁剪磁盘 sidecar 与内存 ledger。
• 恢复会话时，只应发布当前可见 turn 对应的证据。
• 增加回归测试：先产生 evidence，再 rollback，随后 unload/restore，确认 compression contract 不再包含被撤销 turn 的证据。

该问题会破坏本 PR 要保证的恢复一致性，因此修复前建议不要合并。

[limityan]

仍需修改：Undo 后再 Redo 会永久丢失证据

这次修改已经处理了永久回退后的旧证据问题，但 staged Undo 是可撤销的，目前在这个阶段就把磁盘证据删除了。

发生场景

1. 会话中有多个 turn，并记录了 checkpoint、失败命令或 subagent 的部分结果。
2. 用户执行 Undo，临时隐藏末尾 turn。
3. 用户执行 Redo，希望恢复刚才隐藏的内容。

当前行为

apply_staged_revert_context_locked 在 staged Undo 阶段调用 ledger retention，并重写 evidence-ledger.json，只保留当前可见 turn 的证据。

Redo 随后能够恢复对话 turn、上下文和工作区，但已从 sidecar 删除的 evidence 无法重建。新增测试也只验证 Undo 后隐藏证据被删除，没有覆盖 Redo。

造成的后果

用户看到的会话和工作区已经恢复，Agent 使用的 checkpoint、失败命令及 subagent 结果却永久缺失。后续上下文压缩和 Deep Review 会基于不完整的历史继续执行。如果应用在 Clearing 阶段退出，恢复后也会保留这个不一致状态。

修复要求

• staged Undo 和 staged restore 只过滤内存中的可见 evidence，保留完整 sidecar 以支持 Redo。
• 用户提交永久回退，或开始新任务使 staged suffix 正式失效时，再裁剪磁盘 sidecar。
• 增加 Undo → Redo、连续 Undo → 连续 Redo，以及 Clearing 阶段恢复的回归测试。

该问题会导致可恢复历史的数据丢失，修复前建议不要合并。

[limityan]

已按完整的 evidence sidecar 生命周期复核当前 head 3215d1b。上一轮 staged Undo/Redo 丢失 evidence 的问题已经修复；当前还需要处理下面两条。

[P1] Fork 后会丢失已继承历史的 evidence

场景

用户从一个已经运行较久的 Session 创建 Fork。源 Session 中已有 checkpoint、工具执行证据或 partial subagent 结果。

当前行为

session_branch.rs 会把历史 turns、上下文快照、压缩记录、prompt cache 和 metadata 复制到新 Session，但没有复制 evidence-ledger.json。Desktop、CLI 和 App Server 的 Fork 功能都会经过这条路径。

影响

新 Session 看起来继承了完整历史，实际缺少这些历史对应的验证证据。后续发生上下文压缩或 Deep Review 时，系统无法看到 Fork 之前已经产生的 checkpoint、失败记录和 partial result，长任务可能据此作出错误判断。

建议

在 PersistenceManager::branch_session 的同一事务中：

1. 读取源 Session 的 ledger；
2. 只保留本次实际复制的 turns 对应的事件；
3. 将事件的 session_id 更新为目标 Session；
4. 在目标 Session writer lease 下原子写入新的 sidecar；
5. 增加通过正式 Fork port 创建分支、重新加载目标 Session，并验证 compression/Deep Review contract 的测试。

[P2] 恢复时过滤掉的旧 evidence，会在下一次工具写入后重新出现

场景

新版已经生成 evidence-ledger.json，随后旧版本修改或回退了 Session 历史。旧版本不了解这个 sidecar，因此被删除 turn 的 evidence 仍留在文件中。用户再次使用当前版本打开该 Session，并继续运行一个会产生 checkpoint 的工具。

当前行为

恢复 Session 时，session_manager.rs 会按现存 turn 过滤 evidence，但只过滤内存中的结果，sidecar 仍保留完整内容。下一次 append_evidence_event 会读取完整 sidecar、追加新事件，再用全部事件覆盖内存，刚刚被过滤掉的旧 evidence 因而重新出现。

影响

已撤销或已不存在 turn 的 checkpoint、partial subagent 结果会再次进入 compression contract 和 Deep Review，恢复阶段的过滤失去作用。

建议

普通恢复场景下，将 sidecar 收敛到现存 turns；若存在 staged Undo marker，则继续保留磁盘上的隐藏 suffix 供 Redo 使用。每次 append 后发布内存状态前，也需要按当前可见 turns 投影，避免不一致数据重新进入运行时。

除以上两条外，本次已覆盖写入、恢复、Fork、Undo/Redo、永久回退、崩溃阶段恢复、并发写入、跨进程锁和远程镜像，未发现其他需要报告的问题。

[limityan]

复审通过。

上一轮提出的两条问题已经完整修复：

• Session Fork 会按实际继承的 turns 复制 evidence，重写目标 session_id，并在目标 Session 的 writer lease 下原子写入；失败时仍会清理整个目标 Session。
• 普通 restore 会将 sidecar 收敛到现存 turns，append 发布到内存前也会按当前可见 turns 过滤；staged Undo/Redo、连续 Undo/Redo 和 Clearing 恢复仍会保留并恢复隐藏 evidence。

本次复审未发现新的可操作问题。Core evidence、Agent Runtime ledger、staged 状态机、branch、Clearing 恢复和并发追加专项测试均通过，独立隔离审查结论一致。

当前 review 对应 head：a2d029b66e3fffe123de31285012f1fdd91012dd。提交 review 时已有 7 项 CI 成功，剩余 2 项 macOS 检查仍在排队；合并前请等待它们完成。